Google Genomics almacena genomas humanos en la nube. Por tan sólo 25 dólares al año, Google permitirá almacenar en la nube copias de genoma humano. Google oferce a hospitales y universidades un nuevo servicio. ¿Tienen ustedes genomas? Almacénelos en nuestra nube..
Proyecto Google Genomics
Se llama Google Genomics y es el primer producto del gigante de las búsquedas para la era del ADN. Se trata de un servicio de computación en la nube que se lanzó en Marzo de 2014 y que, aunque pasó desapercibido ante el aluvión de noticias de I+D de Google, como por ejemplo el plan de combatir el cáncer con nanopartículas, el proyecto Genomics podría ser el más relevante de todos.
Poder conectar y comparar miles o incluso millones de genomas va a impulsar los avances médicos en la próxima década. El almacenamiento de este tipo de datos ya es algo que se están disputando empresas como Amazon, Google, IBM o Microsoft.
Hace un año y medio que Google empezó a trabajar en Genomics. Para ello se reunió con científicos y crearon una interfaz o IPA (Interfaz de programación de aplicaciones) que les permitía transferir información genética a sus servidores y así hacer pruebas usando la misma tecnología de base de datos que indexa la web y rastrea a miles de millones de Internautas.
David Glazer, ingeniero líder del proyecto y antiguo director de ingeniería de plataforma de Google+, afirmaba que los biólogos han pasado de estudiar los genomas de uno en uno a poder analizar millones de ellos. «La oportunidad está en cómo poner en práctica los avances en la tecnología de datos para facilitar esta transición».
Aunque algunos científicos se burlan del intento de Google en el campo del ADN por considerarlo un área demasiado compleja para la empresa, hay otros que lo consideran el principio de una revolución. El experto en bioinformática de la universidad de Standford, Atul Butte, afirmó que cuando supo de los planes de Google, comprendió «cómo se tuvieron que sentir los agentes de viajes cuando oyeron hablar de Expedia.»
El big data del Genoma humano
El Instituto Broad de Cambridge (Massachusetts) indicó que en el mes de octubre logró descodificar el equivalente a un genoma humano cada 32 minutos, lo que generó unos 200 terabytes de datos «en crudo».
Esta cantidad de información, sin embargo, es inferior a lo que suelen manejar las grandes empresas de Internet (la cantidad de información que habrá almacenado el instituto Broad en dos meses equivale a lo que se sube a YouTube en un sólo día). Aún así, es una cantidad muy superior a la que están acostumbrados a manejar los biólogos.
Por su parte, el National Cancer Institute (Instituto Nacional del Cáncer) dijo que pagaría 19 millones de dólares por trasladar a la nube los 2.6 petabytes de información del Altas del Genoma del Cáncer. Las copias de los datos de miles de pacientes de cáncer se almacenarán en Google Genomics y en los centros de datos de Amazon.
La idea es crear «nubes de genoma de cáncer» en las que los científicos puedan compartir información y llevar a cabo experimentos virtuales de forma tan sencilla como realizar una búsqueda en la web. Según Sheila Reynolds, investigadora del Instituto Institute for Systems Biology de Seattle, «no todo el mundo tiene la capacidad de descargarse un petabyte de datos ni cuenta con la potencia computacional para manejarlos.»
El precio de Almacenar Genoma
El traspaso de datos genéticos a la nube ha generado una guerra de precios entre Google y Amazon. Google ya ha fijado el precio: 25$ al año por almacenar un genoma y un poco más si se desea hacer cálculos con él. El genoma de una persona equivale a 100 GB de datos «en crudo», aunque una versión más pulida ocupa menos de 1GB, lo que constaría sólo 0,25$ al año.
Somalee Datta, física que dirige el cluster de ordenadores de datos genéticos de la universidad de Stanford, afirma que debido a la reciente reducción en los precios, almacenar genomas en Google o Amazon cuesta lo mismo que hacerlo en su centro de datos. «Los precios son cada vez más razonables y creemos que seguirán bajando».
Los genomas en la nube y las startups
El almacenamiento en la nube está siendo un motor de impulso para nuevas empresas como Tute Tenomics, DNANexus, Seven Bridges y NextCode Health. Lo que hacen estas empresas es crear «navegadores» para que hospitales y científicos puedan buscar información genética, utilizando como motor a Google o a Amazon.
Denis Kural, presidente de Seven Bridges, almacena datos de genoma en la nube de Amazon para el uso de 1.600 investigadores. Según Denis, lo más importante es que la medicina pronto dependerá de una especie de Internet del ADN en el que los médicos podrán realizar búsquedas. «Si a mi en un futuro me detectan cáncer, los médicos podrán secuenciar mi genoma y el del tumor, y así buscarlos en una base de datos que contiene otros 50 millones de genomas. Esto permitiría encontrar la medicación más adecuada para cada tipo paciente.»
Genomics y la experimentación científica
Según Glazer en Google se empezó a trabajar en Genomics cuando ya era evidente que en el campo de la biología los datos pasarían a generarse a gran escala.
Glazer no dice exactamente la magnitud de Google Genomics ni cuántos clientes tiene ahora mismo pero admite que ya se han almacenado en los servidores de Google al menos 3.500 genomas de proyectos públicos. Él ya ha secuenciado su genoma y lo ha subido también a la nube de Google.
También afirma que no existe ningún tipo de relación entre la nube de Google y Calico, quizás el intento más osado de la empresa en el sector sanitario que busca investigar el modo de alargar la esperanza de vida en los humanos. «Lo único que tienen en común es la evidente capacidad de la tecnología para impulsar avances en las ciencias de la vida.»
Por su parte, Somalee Datta asegura que algunos científicos de Standford han comenzado a utilizar BigQuery, un sistema de base de datos de Google compatible con los datos de genoma. Este sistema se ha desarrollado con el fin de analizar grandes bases de datos de spam, documentos web o compras realizadas por los consumidores, pero también para que los investigadores puedan realizar experimentos y comparar miles o decenas de miles de genomas humanos.
Fuente: http://www.technologyreview.com/news/532266/google-wants-to-store-your-genome/
